庆帝即位后，石星不知道哪根弦搭错了，莫名其妙的上疏切谏，提出了规谏六条，即养圣功、讲圣学、勤视朝、速俞允、广听纳、察谗谮。

本来这种奏疏大可以写得很“格式化”，皇帝看完基本不当回事，但石星不然，他奏疏中的立场就有点问题，像是在把隆庆帝先当做恶人看待了，用词又很冲。

这就坏菜了，隆庆帝本来脾气很好，结果看了之后都勃然大怒，给石星宸断了一个“讪上罪”，处以六十杖刑，贬斥为民。

作为帝师的高拱当时虽非首辅，但按照一般情况来看，他是可以并且通常应该出面维护一下石星的，谁料石星的那奏疏里还带了点隐含的指责，仿佛是说隆庆帝如此不堪，高拱这位帝师当负全责。

高拱本来以为这只是石星搞不清状况，想忍下来，谁料门下弟子一查，发现根本不是这么回事。

实际情况是什么呢？是徐阶当时操控言路和高拱斗法，石星虽然本来不是徐阶的嫡系，但他作为年轻言官，在众口铄金之下真的以为高拱就是徐阶口中的不识好歹、恩将仇报之辈，于是愤而上疏，明着骂皇帝，实则骂高拱。这一下子就把高拱惹毛了。

高拱的脾气本来就不好，又正值与徐阶斗法的紧要关头，石星这毛头小子自己跳出来做炮灰，高拱可不就干脆成全他得了？于是高拱也就不再顾及石星什么“北榜后进”，更不考虑提携一把，直接了当地在皇帝的降罪圣旨上附署了。

于是石星挨了六十廷杖，当场罢官，贬斥为民。

想想看一位书生在正常情况下挨六十廷杖是什么概念——二十廷杖认真打就足以打死人了，石星挨了六十廷杖，居然只是昏迷过去。

其实这是当时高拱给时任司礼监掌印大太监孟冲打了招呼，让他安排一下，教训一下可以，不要出人命。孟冲是高拱推荐上位的，自然不敢违逆高拱的意思，这件事干得很漂亮。

再说石星本人，他在同乡好友穆文熙的护持下，经过一昼夜的照料总算苏醒过来。

此时石星本以为自己应该是徐阶眼中的可朔之才了，谁知道徐阶那边一点反应都没有，根本就当没这回事。

石星得知消息，当场凉了半截腰，差点气死。不过他那时的确很有脾气，虽然重伤在身，也不肯在京师逗留，与穆文熙两人同舟回归故里。高拱后来自己被徐阶整懵，回乡一年多才回京，回京后以阁臣兼天官，忙得不可开交，也就把石星给忘了，没想起来在徐阶倒台之后给石星平反什么的。

时间到了隆庆六年六月，隆庆驾崩，万历即位。吏部按照习惯提出起用隆庆年间因言获罪的官员，石星名列其中，高拱看了才想起他，不过没有阻拦，因此石星得以官复原职。

同年八月，石星抵京，此时高拱早已气消，反而还“补偿”了石星一下，让他由原官给事中晋升为尚宝司少卿。

万历二年八月，石星因为此时已经磨平了棱角，又知道了徐阶当年与高拱之争的内情并不是他所想象的那样，对高党的态度开始出现变化，于是由尚宝司少卿改任大理寺右寺丞，不久又升为大理寺左寺丞。

这当然是高拱的意志体现，因为尚宝司是个清水衙门，但级别还可以，高拱把石星放在尚宝司，一则是从品级上补偿一下，一则也是观察一下石星的态度。如果石星还冥顽不灵、死不悔改，高拱当然也有办法整治。

不过既然石星已经“知错”，高拱当然还是秉承提携后辈的原则，又用了他。

然而，之前的打压对于石星来说或许并不能完全释怀，他此后虽然从整体上偏向实学派，但个别时候也不完全站在实学派一边，尤其是在高拱去世之后。

比如说他在兵部的时候就曾经弹劾过时任辽东巡抚的高务实：当时高务实计杀叶赫二贝勒，石星弹劾