而圣唐将军李克用部一万余人南下，齐军大将赵璋战死，华州、兰田相继失守。

黄巢不敌，撤出长安，逃入商山，沿途抛弃黄金珠宝，圣唐大军争宝竟不急追，后以齐将孟楷为先锋，攻逼蔡州，圣唐军守将秦宗权战败投降，之后围攻陈州，遭遇圣唐军将领赵犨顽强抵抗，大小数百战，始终未能攻拔其城，齐将孟楷挺进豫州的途中，中俘牺牲。

黄巢闻知孟楷遇害，大怒，部队屯于溵水，掘堑五重，百道攻之，誓为孟楷报仇，圣唐大军在陈州附近的西华大败黄思邺，齐军退军故阳里，陈州之围遂解。

之后黄巢引兵向汴州行进，尚让以五千精锐直逼大梁，圣唐将军李克用率兵五万，自河中南渡，连败齐军于太康、汴河、王满渡。

黄巢只好转战鲁地，同年三月，朱温大败黄巢于王满渡，黄巢的手下李谠、葛从周、杨能、霍存、张归霸、张归厚、张归弁等投降朱温；而黄巢残部向东北逃亡，又遇李克用于封丘，时遭大雨，黄巢集散兵近千人奔兖州，李克用军昼夜驰，粮尽不能得巢，乃还。

随后圣唐将军时溥派李师悦率兵万人，与降将尚让紧追其后，黄巢入泰山，圣唐将军时溥大将张友与尚让率之众掩捕黄巢。

黄巢攻打陈州失败之后，一路被圣唐军紧追，最后退到泰山狼虎谷，见大势已去，他对外孙林言道：“我本想为国讨伐奸贼，革新朝政，但功成而不退，以致失败。现在，我的脑袋不能便宜了别人，你拿去献给天子吧，还能图个富贵！”

林言不忍下手，黄巢毅然自刎，于是林言割了黄巢的首级，然后将黄巢的兄弟，妻子等人都杀了，准备去投降圣唐大军，但路上遇到一队野蛮的圣唐军队，他们将林言杀了，砍下其首级送给了圣唐军将领时溥。

由黄巢以及王仙芝所领导的起义军虽然被扑灭，但它搅动了圣唐的半壁江山，导致圣唐末期国力大衰。

而叛变圣唐农民起义军的朱温，被圣唐王廷赐名全忠，用以为将，朱温镇压义军，重兵在握，他以河南为中心，极力扩大势力，逐渐成了圣唐末期最大的割据势力。

朱温追杀黄巢残部，立了许多功劳，僖宗很高兴，对他多有嘉奖，但不久之后，年轻的僖宗莫名其妙就死了，僖宗一生大部分时间都在逃亡，不过却死在长安，当时他刚刚回到长安不久，在武德殿驾崩。

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僖宗一死，朱温失了后台，开始被人欺负。

僖宗死的时候太年轻，仅有二子，还全部早夭，他驾崩后，宦官们拥立了他的弟弟为昭宗，僖宗当初宠幸宦官田令孜，但田令孜此时早已被杀，掌权的宦官是杨复恭、刘季述等人，但是他们不识时务，都以为天下还可以像当年那样，由宦官挟天子以令天下，殊不知时代早已经变了。

昭宗和僖宗全然不同，他一点都不喜欢宦官，一直想除掉这些人，但是他手上没有兵权，昭宗很有心机，故意挑唆杨复恭与干儿子杨守立反目，最后将他们二人都除掉了。

昭宗还想平定藩镇，他组建新军，又充分利用各藩镇之间的矛盾，取得了一些成绩，但是，此时李唐王朝气数已尽，他怎么努力都是白搭，后来禁军被藩镇击溃，唐朝的嫡系部队荡然无存，至此唐朝再也无力中兴了。

晚唐的皇帝中，并不都是昏庸之辈，昭宗和文宗、武宗、宣宗一样，都是有勇有谋有政治智慧的人，但是昭宗接手的摊子，实在是烂得掉底，就算太宗复生也填不了这么大的坑，不过昭宗也算是在力所能及的范围之内，做了他能做到的最大努力。

凤翔节度使李茂贞驻地离长安很近，而昭宗想利用朱温的力量对抗他，于是朱温和李茂贞狠狠对掐一场，起初李茂贞与宦官联手，挟持了昭宗，但是朱温很能打，围困凤翔一年多。