出现干旱。90万年之后的中更新世早期，涠洲岛又一次处于海平面之下，直到23万后的晚更新世后期，涠洲岛才完全上升露出海面，呈现出现在这个样子。在250万年之后到7000年之间涠洲地区发生了至少四期数以百次的基型火山喷发，形成了岛上地层主体。这中间涠洲岛多次发生海洋风暴以及地震及引发的海啸，加上平时海水与海岸的相互作用，形成了现在涠洲岛上独一无二又丰富多彩的海蚀、海积、海滩地貌。

涠洲岛95%以上的地层是火山岩组成，岛上有许多火山喷发的遗迹：南湾火山口、横路山火山口、鳄鱼山火山口、斜阳岛村火山口及斜阳岛婆湾火山口。在波浪、海流、潮汐的侵蚀下，涠洲岛海岸基岩出现海蚀洞、海蚀沟、海蚀龛、海蚀崖、海蚀柱、海蚀台、海蚀窗、海蚀蘑菇等地貌。

涠洲岛的岛形近似于圆形，东西宽度大约是6公里，南北长度大约是6.5公里。从地质状况来看，涠洲岛是玄武岩台地，地表微微起伏，覆盖着一层厚厚的紫红色玄武岩风化物。全岛的地势是南高北低，南部东、西拱手一带最高，海拔都是在75米左右，向北逐渐倾斜，到北部的北港村一带海拔降到20米左右，然后逐渐过渡到平坦宽阔的沙质海滩，地貌类型比较简单。

涠洲岛的南半部以海蚀地貌为主，无论是海蚀崖、洞，还是海蚀台、柱发育得很成熟；北半部则以海积地貌为主，有沙堤、渲湖、沙滩及礁坪。在海蚀地貌中又以南湾沿岸为典型。南湾原是一南边坡口的火山凹地，被海水淹没形成海湾，其周围是火山沉积岩。在海浪和潮汐的交相侵蚀下，潮间带附近的岩石首先遭到破坏，便形成了呈层分布的海蚀洞穴，而洞穴上部的岩石失去支持后沿垂直节理断裂或崩溃下来，于是又形成陡峭的海蚀崖。东、西拱手间近5公里长的海湾上布满这种海蚀崖，它们高度在30~50米之间，坡度大于75°。

海蚀平台是海蚀崖不断后退而在崖脚下被保存下来的天然平台。南湾东侧猪仔岭脚下的海蚀台不但平坦，而且在其台面上经常可以发现很多火山弹及共形成的冲击坑。每当台面上的火山弹被冲走后，海浪还会挟带岩屑继续磨蚀那些坑坑窝窝，使之形成大大小小的圆桶状瓯穴。海蚀产台上有时会残留下一些坚硬的岩石柱体，这就是海蚀柱。猪仔岭就是一个巨大的海蚀柱，高35米、宽不足30米，长度有100米左右。

涠洲岛的海滩以宽阔平坦的沙质海滩为主，一般宽150~300米，沙砾层厚4~8米，平铺于玄武岩之上层部岸断间或有玄武岩出露。潮间带一般比较宽阔，最宽者可达150米。潮下带宽约60米，有珊瑚分布。珊瑚的下面就是礁坪。被波浪打碎的珊瑚残体很容易与壳沙砾等堆积胶结成海滩岩。涠洲岛北港一带的海滩岩从古泻湖一直延伸到潮下带上部，覆盖于玄武岩之上。原来的火山口已变成了南湾的深水良港，火山原来的火山口已变成了南湾的深水良港，火山形态十分明显，火山口为高达50~80余米的弧形陡壁。

涠洲岛北部潮上带有新老两道沙堤，南部海蚀崖上有三层海蚀洞，崖脚有两极海蚀台，反映了第四纪以来涠洲岛一直在间歇地抬升，其幅度可超过20多米。

在气候上，涠洲岛的气候类型属于亚热带海洋性气候。这种气候特点是全年分为雨季和旱季。雨季通常从5月持续到10月，这段时间内岛上可能会有阵雨，海上波涛较大。而从11月至翌年的4月，则是相对干燥的旱季。涠洲岛年平均气温23℃，终年无霜，年平均降水量1297mm，干湿季明显。

涠洲岛海洋中多珊瑚礁，珊瑚玲珑剔透种类丰富多彩。

涠洲岛的海洋珊瑚礁类非常丰富。根据历史记录和调查，涠洲岛的造礁珊瑚有21属45种。其中，2007年和2008年的调查发现，涠